Controvérsia gravita em torno da possibilidade de obtenção de indenização de área atingida por limitação administrativa advinda da criação de áreas de proteção ambiental, tais como: Pantanal; Zona Costeira; Mata Atlântica, dentre outras.

Há resistência do Poder Público em pagar indenização a esse título, por entender que a área na qual foi imposta a restrição continua sendo de propriedade do particular, que fica mantido na posse direta do bem. Segundo ele, trata-se de simples restrição administrativa não implicando apossamento da área, não havendo, portanto, justificativa para impor indenização correspondente ao valor da terra nua, uma vez que há apenas limitação do seu uso.

Sabemos, por outro lado, que é incumbência do Poder Público o dever constitucional de proteger a flora e de adotar as necessárias medidas que visem a coibir práticas lesivas ao equilíbrio ambiental. Esse encargo, contudo, não o exonera da obrigação de indenizar os proprietários cujos imóveis venham a ser afetados em sua potencialidade econômica, pelas limitações por ela impostas.

Felizmente, nossos Tribunais Superiores (Supremo Tribunal Federal e Superior Tribunal de Justiça) têm acatado a tese de que essas áreas são indenizáveis, sob o fundamento de que há esvaziamento econômico do direito de propriedade, uma vez que o individuo fica tolhido de exercer o pleno exercício de sua propriedade.

É indubitável que, os proprietários de imóveis com restrição ao direito de uso por imposição legal, têm direito à indenização pelo desfalque sofrido em seu patrimônio. O valor da indenização deve ser justo e calculado de conformidade ao valor de mercado da área, sem qualquer indagação acerca de sua exploração econômica.
Ademais, importante ressaltar que o fato de o individuo ter adquirido a área após a criação da Área de Proteção Ambiental não exclui o direito à indenização, nem limita sua quantificação.

Por fim, ressaltamos ainda que, o prazo de prescrição para propositura de tal ação de caráter indenizatório (desapropriação indireta) prescreve no mínimo em 10 (dez) anos, podendo esse prazo estender para 20 (vinte) anos, caso a restrição tenha ocorrido antes vigência do Novo Código Civil Brasileiro, ou seja, antes de janeiro de 2003 e não em 5 (cinco) anos, conforme sustentado pelo Poder Público.